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治疗乙肝的药物主要分为口服的核苷（酸）类似物（NAs） 和注射用的干扰素。选择哪种药物需要根据患者的具体病情、经济状况、年龄及有无基础疾病综合判断。
一线口服药物：核苷（酸）类似物 目前公认的一线药物主要包括恩替卡韦（ETV）、富马酸替诺福韦二吡呋酯（TDF） 和富马酸丙酚替诺福韦（TAF）。这类药物的特点是抗病毒效果好、耐药率低、副作用少。
· 恩替卡韦：抗病毒作用强，耐药率极低（5年耐药率仅1.2%）。需空腹服用（餐前餐后至少2小时），长期使用对肾功能和骨密度影响极小，但极少数患者可能出现乳酸酸中毒。 · 替诺福韦（TDF）：抗病毒效果非常强，妊娠期B级药物，适合备孕及孕期女性。但长期使用有轻微的肾毒性和导致骨密度下降的风险，需定期监测肾功能和血磷。 · 丙酚替诺福韦（TAF）：TDF的升级版，靶向肝脏，所需剂量更小。在保持同等高疗效的同时，对肾脏和骨骼的安全性显著优于TDF。
注射类药物：聚乙二醇干扰素α（Peg-IFNα） 对于优势人群（如年轻、转氨酶较高、病毒载量较低、e抗原阳性的患者），干扰素是“好药”的另一选择。虽然它副作用多（发热、白细胞降低、抑郁等），但能调节免疫，有 chance 实现乙肝表面抗原（HBsAg）转阴，即实现临床治愈。
避免使用的药物 拉米夫定、阿德福韦和替比夫定由于耐药率高或肾毒性大，目前已被淘汰，不再作为一线推荐。
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